是公司章程大量简单照抄照搬公司法的规定，没有根据自身的特点和实际情况制定切实可行的章程条款，对许多重要事项未进行详细的规定，造成公司章程可操作性不强，制定出来后往往被束之高阁。是公司章程有些条款的内容明显不符合《公司法》精神，甚至有剥夺或者变相剥夺股东固有权的情形，对董事、监事和高级管理人员的诚信义务强调不够，对公司管理层权限边界界定不够清晰，不能有效地保护中小股东的权益，往往给公司的正常运作带来许多不利的影响。
是绝大多数公司章程几乎是一样的，差异只是表现为股东的姓名、住所、资本规模等方面，除此之外，公司章程的其他文字以及通过这些文字所要建立的自治机制几乎没有任何差异，千篇一律。这一问题的出现，在很大程度上也是由于各个公司的章程都在简单照抄照搬公司法的规定所导致的。
公司章程的上述问题，使得本来非常重要的自治机制，在面对公司与股东的争议、股东之间的争议、公司与高级管理人员的争议时形同废纸。公司章程几乎发挥不了任何作用，反过来又强化了人们的对章程的不正确的认识。下面，通过公司法赋予公司章程可自由约定的事项谈谈解决方案，下述这8点均可在公司章程中自由约定：
1、股东持股比例可与出资比例不一致
对于该问题，公司法并未明确规定可由公司章程另行约定，但司法实践已经认可上述约定属于公司股东意思自治的范畴。案例链接：深圳市启迪信息技术有限公司与郑州国华投资有限公司、开封市豫信企业管理咨询有限公司、珠海科美教育投资有限公司股权确认纠纷案----（最高人民公报案例：(2011)民提字第6号判决书）裁判要旨：在公司注册资本符合法定要求的情况下，各股东的实际出资数额和持有股权比例应属于公司股东意思自治的范畴。股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现。如该约定是各方当事人的真实意思表示，且未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，应属有效，股东按照约定持有的股权应当受到法律的保护。
2、分红比例、认缴公司新增资本比例可与出资比例不一致
法条链接：《公司法》第34条：股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
3、表决权可与出资比例不一致
法条链接：《公司法》第42条：股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。
4、可通过公司章程限制股权转让时的剩余股东同意权、优先购买权
我们知道，侵害股东优先购买权的股权转让协议的效力是有瑕疵的，公司法之所以对股东对外转让股权设置剩余股东同意权、优先购买权等制度进行限制，主要是基于对有限公司人合性和股权自由转让两种价值理念的平衡。随着市场经济的发展，实践中公司情况千差万别、公司参与者需求各异，需要更多个性化的制度设计。欲顺应此种实际需求，法律需减少对公司自治的干预，由股东通过公司章程自行设计其需要的治理规则。因此，公司法规定，有限责任公司股权转让的场合，允许股东通过公司章程事先自由安排出让股东与剩余股东间二者的利益分配。法条链接：《公司法》第71条：有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
5、公司章程可排除股东资格的继承
法条链接：《公司法》第75条：自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。
6、全体股东一致同意的，可以书面形式行使股东会职权
法条链接：《公司法》第37条：股东会行使下列职权： (一)决定公司的经营方针和投资计划；…… (十一)公司章程规定的其他职权。对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
7、召开股东会会议的通知期限可另行约定
法条链接：《公司法》第41条第1款：召开股东会会议，应当于会议召开十五日前通知全体股东；但是，公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外。
8、公司章程对公司董、监、高转让本公司股份的限制可高于公司法
法条链接：《公司法》第141条第2款：公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五；所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。公司章程可以对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定。
股东协议是公司股东以出资设立、经营公司为目的，而在股东之间约定权利义务的文件。股东协议主要作用在于表明股东投资公司的目的、确定公司的基本性质和结构，以及分配和协调股东之间的权利义务关系，其协议本质应属于合同，依法受我国《合同法》一般规则的规范和调整。
股东协议一般不是必备的法律文件，主要依据当事人的意思表示形成，只对签署协议的股东具有约束力。
2、公司章程
公司章程是指公司必须具备的、由发起设立公司的投资者制定的，并对公司、股东、公司经营管理人员具有约束力的、调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则，依法属于我国《公司法》所规制的范围。公司章程部分内容对签署股东而言具有合同的性质，相互之间具有约束力，公司章程除了对签署股东、内部经营管理人员具有约束力外，还具有涉他性，经公示后对公司外部相关主体（如善意第三人）具有一定的利害关系。公司章程是必备性文件，任何公司成立都必须以提交公司章程为法定条件，需依法在工商登记部门备案。因此，投资协议与公司章程系由投资人形成的两种在本质存在不同的协议安排。两者在性质、功能、效力时间、调整对象、范围都有差别，应区别对待。
当股东协议与公司章程在实践中发生条款冲突时，应当区分是针对股东内部之间的事项还是股东与合理信赖公司章程的第三人之间的事项，在具体适用时须区分对内适用和对外适用两种不同情形。上海市第二中级人民法院在（2013）沪二中民四（商）终字第733号案件中认为：“公司章程作为对公司重要和基本问题作出明确规定的公众法律文件，对公司股东以外的债权人以及其他社会公众而言是其赖以了解公司的基本依据，但对股东之间来说，公司章程仅是股东之间的一种契约，股东可以通过其他合意且在不违反强制性规定的情况下进一步明确各自的权利义务，甚至否定公司章程的约定，故在股东之间应以股东的真实意思合意为准。”
1、对内适用
如上所述，公司章程和股东协议并非简单的取代关系，两者通常情况下是一种并行的关系。用于调整股东间内部权利义务关系的股东协议和公司章程，当两者在约定上产生冲突时，我们认为应当探究股东真实意思表示，而非简单的以取代关系来判定适用效力问题。为避免不必要之争议，建议股东间如通过协议作出与公司章程不一致内容时，在协议中注明“本协议书自股东各方签章之日起生效，不因目标公司章程的签署而被取代或变更；公司章程条款与本协议内容约定不一致的，以本协议为准”。
2、对外适用
对外而言，公司章程作为对公司最为重要和基本问题作出明确规定的公众性法律文件，是公司股东以外包括债权人以及其他社会公众是其赖以了解公司的基本依据。由于股东协议并非工商登记必备文件，因此无须经过对外公示程序，所以股东协议并不具有“对外”效力。在处理股东与第三人之间事项时，理应依据经过登记公示的公司章程相关规定来加以判断。这是商事外观主义和第三人信赖利益的必然要求和充分体现。
综上所述，股东协议与公司章程的效力孰优孰劣不能一概而论，因两者的调整范围并不相同。我们认为，在“你有我无”的情形之下，公司章程与股东协议并不会存在冲突的问题；只有在两者均有约定时，才会产生冲突问题。在确定两者的效力适用规则时，应以“内外有别”作为判别标准：在处理股东间权责问题时，如公司章程无相反规定，则应适用股东协议相关约定；在公司章程亦有规定时，应当根据实际情况进行区分，判别股东“真实意思表示”。在处理股东出资等带有“对外”性质事项时，应当优先考虑适用公司章程相关规定。在公司章程规定不明或是无相关规定时，股东协议相关约定可以作为补充适用。
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